Sign In Sign-Up

Welcome!

Close

Would you like to make this site your homepage? It's fast and easy...

Yes, Please make this my home page!

No Thanks

  Don't show this to me again.

Close

Содержание.

1. О программе

2. Интерфейс (внешний вид) программы и ее функциональные возможности

3. Пример работы с программой

4. Элементы управления работой программы и выполнения операций

5. Методика работы с программой (порядок действий)

6. Получение изображения

7. Выделение объектов

8. Классификация

9. Сложные ситуации, которые могут возникнуть при работе с программой

10. Технические требования

11. Методика подготовки препаратов

12. Словарь

1. О программе

Программа KarioService предназначена для автоматизированного анализа изображений среднеметафазных G-окрашенных хромосом человека, приготовленных из культуры соматических клеток.

Программа позволяет:

· ввести изображение метафазы с телевизионной камеры, прочитать изображение из файла и стандартного буфера обмена;

· автоматически или вручную выделить и классифицировать хромосомы;

· построить кариограмму (раскладку хромосомного набора);

· сохранить изображения метафазной пластинки и кариограммы путем записи в файл с возможностью занесения в базу данных (если она поставляется вместе с программой);

· печатать изображения метафазной пластинки и кариограммы на принтере;

2. Интерфейс (внешний вид) программы и ее функциональные возможности

Главное окно программы содержит строку заголовка и строку меню, ниже которых расположены два окна: одно содержит введенное изображение метафазной пластинки; другое результаты раскладки хромосом в виде кариограммы. Справа и слева от этих окон находятся кнопки панели инструментов. Внизу главного окна расположена информационная строка, отображающая режим работы, число выделенных хромосом, число классифицированных хромосом, а также текущую дату. Внешний вид главного окна программы показан на рис. 2.1.

Рис. 2.1. Внешний вид главного окна программы в процессе работы.

Программа позволяет выполнять большинство необходимых оператору действий тремя различными способами:

• с помощью диалогового меню, расположенного в верхней части главного окна;
• с помощью быстрых клавиш;
• с помощью кнопок панелей инструментов, расположенных в левой и правой частях главного окна;

3. Пример работы с программой

Рассмотрим пример работы с программой KarioService. Все описанные далее действия Вы можете выполнять сами параллельно с изучением данного руководства.

Предположим, что программа хромосомного анализа KarioService уже установлена на Вашем компьютере и готова к работе. Проведем анализ изображения, хранящегося в файле с именем "demo.bmp". Это изображение поставлется вместе с программой.

Начало работы.

Чтобы начать работу, необходимо включить компьютер и запустить программу KarioService.

Для этого необходимо нажать тумблер или кнопку "Power" на корпусе системного блока. Если монитор Вашего компьютера включается отдельно, то его желательно включить перед тем, как включать компьютер. После этого нужно подождать некоторое время для того, чтобы Ваш компьютер подготовился к работе.

Для того, чтобы запустить программу KarioService, нужно найти на экране монитора картинку подвести к ней курсор мыши и щелкнуть два раза левой клавишей мыши. После этого перед Вами появится главное окно программы, показанное на рис 3.1.

Рис. 3.1. Главное окно сразу после запуска программы.

Теперь необходимо выбрать и поместить в окно изображение анализируемой метафазной пластинки. Для этого нажмите на кнопку . На экране появится диалоговое окно, показанное на рис. 3.2.

Рис. 3.2. Диалоговое окно выбора имени файла, в котором хранится изображение.

Если в списке доступных файлов с изображениями нет имени искомого файла (напомним, что мы ищем изображение с именем "demo.bmp"), необходимо указать путь к этому файлу. Предположим, что этот файл хранится на диске "F:", в каталоге "ARCHIVE" (т.е. путь к этому изображению "F:\ARCHIVE "). Сначала нужно выбрать диск, на котором хранится искомое изображение. Для этого нажмите на кнопку, используемую для выбора диска. Перед Вами появится список всех дисков. Наведите курсор на запись вида " f: " и щелкните по ней левой клавишей мыши. Пример выбора диска показан на рис. 3.3.

Рис. 3.3. Выбор диска.

Обратите внимание на окно, используемое для выбора папки. Здесь в первой строке будет отображаться выбранный Вами диск (в нашем случае “f:\”). Щелкните левой клавишей мыши по этой записи и перед Вами появится список всех каталогов, расположенных на этом диске. Чтобы посмотреть содержимое каталога "ARCHIVE", найдите его в этом списке подведите к нему курсор и дважды щелкните левой клавишей мыши. Перемещаться по списку вверх / вниз можно с помощью полосы просмотра, нажимая на кнопки / соответственно.

Теперь найдите в списке доступных файлов запись "demo.bmp", наведите на нее курсор и дважды щелкните левой клавишей мыши. После этого изображение, хранящееся в файле с именем “demo.bmp”, будет помещено в окно метафазы программы KarioService, как показано на рис. 3.4.

Рис. 3.4. Изображение загружено в окно метафазы.

Замечания: К сожалению, заранее нельзя точно сказать, где будет храниться это изображение в Вашем компьютере. Поэтому, чтобы его найти, Вам придется действовать по аналогии с выше описанными действиями, т. е. если Вы не нашли файл с изображением на диске F, то попробуйте поискать его, например, на диске C.

Действия по анализу метафазной пластинки.

Теперь можно работать с этим изображением. При работе с программой KarioService необходимо сначала произвести выделение всех хромосом, а потом их классификацию.

Чтобы видеть на экране как можно большую часть изображения метафазы, нажмите на кнопку , находящуюся в правом верхнем углу окна метафазы. Тем не менее, на экране все изображение метафазы может не поместиться. Для того, чтобы перемещаться по изображению, используйте кнопки / для перемещения вправо / влево и / для перемещения вниз / вверх соответственно.

Чтобы выделить все хромосомы, нажмите на кнопку и подождите некоторое время. В процессе автоматического выделения, на экране появляется маленькое окошко с кнопкой "Прервать". Используйте эту кнопку, если захотите остановить автоматическое выделение хромосом. Если Вы прервете процесс, то выделенными окажутся только те хромосомы, обработка которых была завершена до нажатия на кнопку. Если Вы не воспользуетесь этой кнопкой, то для рассматриваемого изображения окажутся выделенными почти все хромосомы. Выделенные хромосомы будут обведены по периметру темным цветом, кроме того поперечной красной линией на них будет показано предположительное положение центромеры. Не выделятся пересекающиеся и некоторые соприкасающиеся хромосомы. На рис. 3.5. показано окно метафазы после выполнения операции автоматического выделения хромосом.

Рис 3.5. Изображение после проведения операции автоматического выделения.

Выделите пересекающиеся хромосомы, используя инструмент - ”полигон”. Для этого:

• нажмите на кнопку , чтобы увеличить изображение выделяемого объекта;

• нажмите на кнопку (полигон);

• подведите курсор к краю одной из хромосом, подлежащих выделению, и щелкните один раз левой клавишей мыши (после этого за курсором потянется линия, как показано на рис. 3.6 а);

· проведите отрезок и закрепите его одним щелчком левой клавиши мыши;

Рис. 3.6 а.

· повторите предыдущую процедуру необходимое количество раз (пока вся хромосома не будет обведена ломаной линией);

Рис 3.6 б.

На всех предыдущих этапах Вы можете отменить свои действия по использованию полигона. Для этого достаточно щелкнуть один раз правой клавишей мыши.

· щелкните два раза левой клавишей мыши (в последней точке) для завершения процедуры.

Рис 3.6 в.

Аналогичным образом выделите вторую хромосому:

Рис 3.6 г.

Теперь все хромосомы на изображении метафазы выделены. Если на экране не помещается все изображение метафазы, необходимо изменить его масштаб. Для этого можно нажать на кнопку .

Заметим, что некоторые из хромосом были выделены неправильно. Это показано на рис. 3.7.

Рис 3.7. Демонстрация неправильно выделившихся хромосом.

В верхней части метаплатинки программа выделила хромосому без ее спутников. Для того, чтобы исправить это, снимите выделение с этой хромосомы. Для этого нажмите на кнопку , подведите курсор к этой хромосоме и щелкните один раз левой клавишей мыши. (Если Вы вдруг щелкните левой клавишей мыши два раза, то эта хромосома вообще не будет восприниматься программой до тех пор, пока Вы не перезагрузите изображение). Для того, чтобы правильно выделить эту хромосому, нужно как и в случае с пересекающимися хромосомами использовать инструмент - "полигон". Нажмите на кнопку и обведите эту хромосому ломаной линией так, как это было описано выше.

В нижней части метаплатинки программа выделила автоматически две хромосомы как одну. Это необходимо исправить.

1. Снимите выделение с хромосомы (нажмите на кнопку , подведите курсор к этой хромосоме и щелкните один раз левой клавишей мыши).

2. Отделите одну хромосому от другой с помощью инструмента - "нож". Для этого: нажмите на кнопку и проведите ломаную линию, отделяющую одну хромосому от другой. Чтобы это выполнить:

• поместите курсор в обозначенную на рисунке точку:

Рис 3.8 а.

• щелкните один раз левой клавишей мыши (за курсором потянется линия);
• проведите отрезок и щелкните один раз левой клавишей мыши:

Рис 3.8 б.

• проведите второй отрезок и щелкните два раза левой клавишей мыши, чтобы закрепить получившуюся ломаную линию:

Рис 3.8 в.

3. Выделите хромосомы с помощью автоматического выделения одного объекта. Для этого нажмите на кнопку , подведите курсор к одной из хромосом и щелкните один раз левой клавишей мыши. Тоже самое проделайте для второй хромосомы.

Итак, выделение проведено! Но, к сожалению, не для всех хромосом центромеры найдены верно.

Рис 3.8 г.

Это легко исправить. Нажмите на кнопку , подведите курсор к тому месту, где должна располагаться центромера и щелкните один раз левой клавишей мыши.

Рис 3.8 д.

Теперь можно приступать к классификации хромосом и построению кариограммы. Вспомните, что раньше мы использовали кнопку , для того, чтобы видеть на экране как можно большую часть метафазы. После нажатия, она преобразовалась в кнопку . Классификацию удобно проводить, переключившись в режим, когда видны оба окна: и окно кариограммы, и окно метафазы. Если Вы нажмете на кнопку , то на экране снова будут располагаться оба окна.

Сначала попробуйте провести автоматическую классификацию. Для этого нажмите на кнопку и подождите некоторое время. Программа проведет раскладку автоматически, а те хромосомы, которые она не сможет классифицировать, будут располагаться в "подвале" (нижней части кариограммы). Кроме того некоторые хромосомы могут быть идентифицированы программой неправильно.

Для коррекции полученной кариограммы, рекомендуется использовать инструмент ручной классификации. Применение этого инструмента предельно просто. Чтобы переместить неправильно расположенную хромосому, подведите курсор к ней и нажмите один раз на правую клавишу мыши. На экране появится окошко, показанное на рис. 3.9:

Рис 3.9. Инструмент проведения ручной классификации.

Чтобы поместить хромосому в кариограмму под нужным номером, нажмите на соответствующую цифру. Для того, чтобы поместить хромосому в "подвал" (нижнюю часть кариограммы), нажмите кнопку, на которой нарисован "?". Рекомендуется корректировать раскладку сначала хромосом, располагающихся в основной части кариограммы, а потом классифицировать находящиеся в "подвале" неидентифицированные программой хромосомы.

После этого необходимо заполнить текстовую информацию о пациенте, для этого нажмите на кнопку . После этого на экране появится специальная форма "Карточка пациента", которую нужно заполнить:

Рис. 4.8. Карточка пациента.

Для того, чтобы заполнить карточку, Вы можете перемещаться по ней последовательно от поля к полю с помощью следующих кнопок клавиатуры:

"Tab" - для перемещения к следующему полю;

"Shift + Tab" - для перемещения к предыдущему полю.

Для того, чтобы попасть в какое-то определенное поле, используйте мышь: подведите курсор к нужному полю и щелкните левой клавишей мыши.

После того, как Вы введете информационные данные о пациенте, нажмите клавишу "Сохранить". Если же Вы не хотите использовать данные о пациенте, которые только что ввели, нажмите кнопку "Отмена". Если Вы сохранили данные о пациенте, в верхней части кариограммы появится содержание некоторых из введенных полей.

Для того, чтобы сохранить результаты проделанной работы необходимо воспользоваться кнопкой . При этом кариограмма будет храниться в файле demo.wmf. Если Вы этого не сделаете, то все результаты проделанной работы будут утеряны.

4. Элементы управления работой программы и выполнения операций

Меню программы

Меню программы расположено в верхней части главного окна программы. Фрагмент меню изображен на рис. 4.1.

Рис 4.1. Фрагмент меню программы.

В таблице 4.1 приведены команды главного меню и соответствующие им альтернативные возможности выполнения тех же самых операций:

Таблица 4.1.

Пункты меню

Изображение / Прочитать из файла

Для того, чтобы получить изображение метафазы из файла, нужно прочитать файл, в котором оно хранится. Прочитать файл можно только в том случае, если он ранее был сохранен с определенным именем. Для этого нужно выбрать пункт меню "Изображение / Прочитать из файла" ("быстрая" клавиша - F3). После этого перед вами появится диалог выбора имени файла, показанный на рис. 4.2.

Рис 4.2. Диалоговое окно выбора имени файла.

Чтобы выбрать имя файла, необходимо сначала указать путь к этому файлу. Если путь уже указан, то Вам не придется этого делать.

В средней части окна под надписью "Папки" ("Folders") будет отображаться путь к файлу, который Вы хотите прочитать / сохранить. Этот путь может иметь, например, такой вид: “c:\images\arc”. Чтобы выбрать путь к файлу, необходимо проделать следующие действия:

1. В окне "Диски" ("Drivers") выбрать имя диска, на котором расположен / будет расположен Ваш файл;

2. Если Ваш файл хранится / будет храниться в каком-либо каталоге, то найдите имя этого каталога в окне " Папки " ("Folders"), установите на него курсор мыши и дважды щелкните левой клавишей мыши.

В левой части окна под надписью "Имя файла" ("File name") расположено маленькое окошечко, в которое должно быть внесено имя файла, который Вы хотите прочитать / сохранить. Это можно сделать двумя способами:

1. Вписать имя файла, предварительно щелкнув левой клавишей мыши по этому окошку, активизируя его. (Таким образом можно создать новый файл);

2. Найти имя нужного файла в большом окне (если файл уже существует) и выделить его с помощью щелчка мыши.

В правой части окна расположены кнопки, позволяющие:

1. Подтвердить выбор имени файла и вывести изображение на экран / сохранить изображение, для этого нужно нажать на кнопку "OK";

2. Отменить свои действия, для этого нужно нажать на кнопку "Отмена" ("Cancel").

Внимание: Программа может работать только с определенными форматами изображений (формат Windows BMP (без сжатия) 8 или 24 бита на цвет, цветные изображения автоматически конвертируются в черно-белые). Если в файле находится изображение в каком-либо другом формате, то на экране появится сообщение о том, что программа не может работать с таким изображением. В этом случае Вам придется сначала преобразовать изображение в нужный формат с помощью какой-либо другой программы.

Изображение / Получить из буфера

Пункт меню "Изображение / Получить из буфера" позволяет получить изображение метафазы, записанное в буфер обмена другими программами. Тем самым достигается возможность обработки изображения метафаз, введенных с помощью других программ.

Для вставки изображения достаточно выбрать пункт меню "Изображение / Получить из буфера " ("быстрые" клавиши - Shift + Ins). Полученное из буфера изображение будет помещено в окно метафазы. Заметим, что получить из буфера изображение можно только в том случае, если оно ранее было в него помещено.

Внимание: Программа может работать только с определенными форматами изображений (формат Windows BMP (без сжатия) 8 или 24 бита на цвет, цветные изображения автоматически конвертируются в черно-белые). Если в буфере находится изображение в каком-либо другом формате, то на экране появится сообщение о том, что программа не может работать с таким изображением. В этом случае Вам придется сначала преобразовать изображение в нужный формат с помощью какой-либо другой программы и лишь затем поместить его в буфер.

Изображение / Камера

Для того, чтобы ввести изображение с помощью TV-камеры непосредственно с микроскопа, необходимо использовать пункт меню "Изображение / Камера" ("быстрые" клавиши - Ctrl + F3). Перед тем, как непосредственно ввести изображение метафазы, с которой Вы собираетесь работать, необходимо добиться наилучшего качества изображения, то есть произвести настройку.

При настройке следует стремиться максимально приблизиться к качеству изображения из файла “demo.bmp”, поставляемого вместе с программой. Программа может помочь Вам эффективно настроиться на ввод изображения хорошего качества с помощью так называемого инструмента интерактивной настройки. Если в диалоге "Настройки" включен флаг "Интерактивная настройка", то после того, как Вы выберете пункт меню "Изображение / Камера", нужно действовать в соответствии с методикой настройки.

Если флаг "Интерактивная настройка" не включен, то после выбора пункта меню "Изображение / Камера" перед Вами появится окно, в которое непрерывно выводится изображение метафазы.

Это предоставляет возможность настроить изображение, регулируя фокус, яркость лампы микроскопа и так далее. Кроме того в окне располагаются три кнопки: "Захватить", "Отменить", "Настройки". Если Вы хотите изменить яркость или контрастность изображения, нажмите на кнопку "Настройки". После этого появится диалог, позволяющий изменить яркость и контрастность вводимого изображения. Вид этого диалога может быть различным (он зависит от используемой платы ввода изображения).

Если Вы хотите отказаться от ввода изображения, нажмите кнопку "Отменить". Выбор кнопки "Захватить" вводит изображение и помещает его в окно метафазы.

Изображение / Сохранить

Чтобы сохранить содержимое окна метафазы и окна кариограммы, необходимо выбрать пункт меню "Изображение / Сохранить" ("быстрая" клавиша - F2). Для того, чтобы потом можно было найти сохраняемую информацию, нужно присвоить ей уникальное, понятное имя. После выбора пункта меню "Изображение / Сохранить" перед Вами появится диалог выбора имени файла. Необходимо отметить, что изображения кариограммы и метафазы сохраняются одновременно с одинаковым именем, но разным расширением. Изображение метафазы сохраняется в файле с расширением “.bmp”, а изображение кариограммы - с расширением “.wmf”.

Внимание: Расширения задаются автоматически, Вам необходимо указать только имя файла.

Изображение метафазы сохраняется в файле в своем первоначальном виде, который мы видим сразу после ввода изображения с телекамеры (или из буфера обмена). Изображение кариограммы отражает результаты классификации на данный момент, поэтому оно будет сохраняться в том виде, в котором мы его видим на экране.

Если сохранять файл с уже существующим именем, то будет выдано предупреждение, в виде следующего диалогового окна:

Это диалоговое окно введено для того, чтобы исключить возможность ошибочной записи новых данных в файл в котором уже хранится полезная информация, так как перезапись приведет к ее потере. Возможность перезаписи оставляется на тот случай если Вам не нужны данные, хранящиеся в файле с заданным именем. В этом случае новые данные могут быть сохранены в уже существующем файле. Такая ситуация может возникнуть, если ранее было введенно и сохранено изображение метафазы неудовлетворяющей по критериям качества, например, изображение с недостаточным для анализа количеством хромосом. Таким образом, если Вы хотите записать новые данные вместо старых, нажмите на кнопку "OK", в противном случае - на кнопку "Cancel".

Внимание: Если изображение было получено не из файла, то его желательно сохранить перед началом работы, присвоив ему имя.

Изображение / Копировать в буфер

Пункт меню "Изображение / Копировать в буфер" позволяет передавать изображения кариограмм и метафаз в другие программы для дальнейшей обработки, например, для помещения изображения метафазы и (или) кариограммы в документ редактора Microsoft Word.

Для того, чтобы поместить изображения в буфер, необходимо выбрать пункт меню "Изображение / Копировать в буфер" ("быстрые" клавиши - Ctrl + Ins). Изображения метафазы и кариограммы помещаются в буфер обмена одновременно, изображение метафазы в формате BMP, изображение кариограммы в формате WMF. Данные, помещенные в буфер, могут быть извлечены из него некоторыми другими программами.

Изображение / Печать текущего окна

Для того, чтобы напечатать изображение текущего (активного) окна на принтере, необходимо выбрать пункт меню "Изображение / Печать текущего окна" ("быстрая" клавиша - F6). После этого на экране появится диалоговое окно установки параметров печати. Вид этого диалогового окна может быть разным в зависимости от программного обеспечения используемого принтера. Для начала печати необходимо нажать на кнопку "OK".

Внимание: Если Вы заменили принтер, необходимо настроить его программное обеспечение в соответствии с описанием, прилагаемым к печатающему устройству для наилучшего качества печати растровых изображений.

Изображение / Параметры страницы

Пункт меню "Изображение / Параметры страницы" ("быстрые" клавиши - Ctrl + F6) позволяет задавать отступы от краев листа при печати на принтере. Этот пункт меню позволяет осуществить "тонкую" настройку размеров полей на печатном листе. При установке программы устанавливаются рекомендуемые для данного принтера поля. Поэтому этот пункт меню использовать не обязательно. При замене принтера на другой необходимо подобрать подходящие для него параметры страницы.

Диалог “Параметры страницы” выглядит так:

Рис. 4.5. Диалог параметров страницы.

Изменяя цифровые значения отступов, подберите нужные параметры страницы. Перемещаться между различными полями можно с помощью кнопки "Tab" на клавиатуре или с помощью мыши.

Изображение / Выход

Для завершения работы с программой нужно выбрать пункт меню "Изображение / Выход" ("быстрые" клавиши - Alt + F4), на экране появится диалоговое окошко:

Если Вы завершаете работу с программой, предварительно не сохранив результаты работы, они не будут сохранены автоматически. Будьте внимательны, чтобы не потерять результаты работы! После того, как Вы завершите работу с конкретным изображением или с программой в целом, вся проведенная Вами разметка (результаты работы с ножом, выделения) на изображении не сохранится. Если Вы заранее сохранили результаты своей работы нажмите на кнопку "OK". В противном случае нажмите на кнопку "Cancel", сохраните результаты своей работы с помощью пункта меню "Изображение / Сохранить" и повторите действия необходимые для завершения работы с программой.

Внимание: Для того, чтобы завершить работу с конкретным изображением и продолжить работу с другими изображениями, достаточно загрузить новое изображение.

Выделение / Объект

Этот пункт меню следует применять в следующих случаях:

· если хромосома не выделена, требуется выделение одной хромосомы;

· если хромосома выделена, а положение центромеры обнаружено неверно, необходима корректировка положения центромеры.

Для того, чтобы выделить одну хромосому, выберите пункт меню "Выделение / Объект" ("быстрая" клавиша - F5). Подведите курсор мыши к хромосоме, которую нужно выделить, и один раз щелкните левой клавишей мыши.

Чтобы исправить положение центромеры, выберите пункт меню "Выделение / Объект", подведите курсор мыши к месту расположения центромеры у данной хромосомы и один раз щелкните левой клавишей мыши.

Внимание: Если Вы хотите выделить или переставить центромеру еще у одной хромосомы, не нужно повторно выбирать этот пункт меню. Выбрав его один раз, Вы находитесь в режиме выделения одного объекта до того момента, пока не переключитесь в другой режим.

Выделение / Полигон

Пункт меню "Выделение / Полигон" ("быстрые" клавиши - Ctrl + F5) дает возможность вручную выделить объект, то есть обвести его ломаной линией. С помощью этого пункта меню можно выделять пересекающиеся хромосомы или хромосомы, которые не удается правильно выделить другими способами.

Для того, чтобы воспользоваться этой возможностью, нужно:

· выбрать пункт меню "Выделение / Полигон";

· подвести курсор к хромосоме, подлежащей выделению и щелкнуть один раз левой клавишей мыши (после этого за курсором потянется линия);

· провести отрезок и закрепить его одним щелчком левой клавиши мыши;

· повторить предыдущую процедуру нужное количество раз (пока вся хромосома не будет обведена ломаной линией);

На всех предыдущих этапах Вы можете отменить свои действия по использованию выделения ломаной линией. Для этого достаточно щелкнуть один раз правой клавишей мыши.

· щелкнуть два раза левой клавишей мыши (в последней точке) для завершения процедуры обводки контура хромосомы.

Внимание: Если Вы хотите выделить еще одну хромосому, не нужно повторно выбирать этот пункт меню. Выбрав его один раз, Вы находитесь в режиме выделения полигоном до того момента, пока не переключитесь в другой режим.

Выделение / Нож

Этот пункт меню следует использовать в следующих случаях:

· соприкасаются две хромосомы (их нужно отделить друг от друга);

· к хромосоме прилипла "грязь" (под "грязью" понимаются посторонние включения, которые должны быть отделены от хромосомы);

· две хромосомы соединены темным участком фона.

Этот пункт меню позволяет отделять объекты друг от друга ломаной линией.

Внимание: Не следует использовать "нож" для выделения пересекающихся хромосом, для этой цели используйте только возможность выделения полигоном. Использование ножа для выделения пересекающихся хромосом приведет к тому, что хромосомы будут разрезаны на несколько частей, и эти части будут восприниматься программой как отдельные хромосомы.

Для того, чтобы отделить два объекта, необходимо проделать следующую последовательность действий:

· выбрать пункт меню "Выделение / Нож" ("быстрые" клавиши - Shift + F5);

· щелкнуть один раз левой клавишей мыши в начале отрезка (за курсором потянется линия);

· провести отрезок и закрепить его одним щелчком левой клавиши мыши;

· повторить предыдущую процедуру нужное количество раз (пока хромосомы не будут отделены друг от друга ломаной линией);

На всех предыдущих этапах Вы можете отменить свои действия по использованию ножа. Для этого достаточно щелкнуть один раз правой клавишей мыши.

· щелкнуть два раза левой клавишей мыши в конце отрезка.

Внимание: Если Вы хотите продолжить отделять объекты друг от друга, не нужно повторно выбирать этот пункт меню. Выбрав его один раз, Вы находитесь в режиме работы с ножом до того момента, пока не переключитесь в другой режим.

Выделение / Снять

Для того, чтобы снять выделение с одной, неправильно выделенной хромосомы или с постороннего включения, нужно выбрать пункт меню "Выделение / Снять" ("быстрая" клавиша - F8). Далее достаточно подвести курсор мыши к хромосоме и щелкнуть один раз левой клавишей мыши. Если после этого Вы проведете операцию выделения всех хромосом или только этой хромосомы, то эта хромосома будет опять выделена.

Иногда необходимо снять выделение с объекта "навсегда", то есть на все время работы с данным изображением. (Это может понадобиться, например, если было выделено какое-то постороннее включение). В этом случае нужно выбрать пункт меню "Выделение / Снять" и дважды щелкнуть левой клавишей мыши. Если Вы сохраните это изображение, то при повторной обработке объект, который во время прошлого сеанса работы был удален "навсегда", снова может быть выделен. Эта возможность пригодится в том случае, если Вы ошибочно удалили из рассмотрения хромосому. В этом случае необходимо сохранить это изображение и заново получить его из файла.

Внимание: Если Вы хотите снять выделение с еще одной хромосомы, не нужно повторно выбирать этот пункт меню. Выбрав его один раз, Вы находитесь в режиме снятия выделения с одного объекта до того момента, пока не переключитесь в другой режим.

Выделение / Выделить все

Для того, чтобы автоматически выделить все хромосомы на изображении и проставить у них положение центромер, достаточно выбрать пункт меню "Выделение / Выделить все" ("быстрые" клавиши - Alt + F5). После этого появится маленькое окошечко:

Рис 4.6. Окошко, свидетельствующее о том, что идет автоматическое выделение.

Если Вы хотите остановить выделение, нажмите на кнопку "Прервать". В этом случае выделение прекратится. Выделенными окажутся не все хромосомы, а только те, которые уже успели выделиться к моменту нажатия на кнопку.

Этот пункт меню позволяет провести автоматическое выделение всех хромосом, кроме:

· хромосом, лежащих в пересечении;

· хромосом, соприкасающихся друг с другом;

· хромосом, соприкасающихся с "грязью" (посторонними включениями).

В этом случае используйте другие возможности программы. Чтобы узнать подробнее о том, как проводить выделение хромосом, смотрите раздел: Выделение объектов.

Выделение / Снять все выделения

Если Вы хотите снять выделения со всех хромосом, выберите пункт меню "Выделение / Снять все выделения" ("быстрые" клавиши - Alt + F8). При использовании этого пункта меню будут отменены также все предыдущие действия с "ножом".

Классификация / Автоматическая

Автоматическую классификацию можно проводить только после того, как были выделены все хромосомы, в противном случае результаты классификации, скорее всего, будут неправильны.

Для того, чтобы провести автоматическую классификацию, нужно выбрать пункт меню "Классификация / Автоматическая" ("быстрая" клавиша - F9). После этого большая часть хромосом будет классифицирована, а те хромосомы, которые программа не сможет классифицировать, будут помещены в "подвал" (нижнюю часть кариограммы).

Внимание: После того, как Вы провели автоматическую классификацию, рекомендуется скорректировать ее результаты. Для этого используйте возможность ручной классификации.

Ручная классификация

Классифицировать хромосому вручную можно только в том случае, если она выделена. Сразу после выделения хромосома будет помещена в "подвал" (нижнюю часть кариограммы).

Для того, чтобы классифицировать хромосому вручную, подведите курсор мыши к этой хромосоме и щелкните правой клавишей мыши. На экране появится следующее окошко:

Рис. 4.7. Инструмент “Ручная классификация”.

Каждая кнопка окна соответствует определенному положению хромосомы в кариограмме. Первая цифра на каждой кнопке определяет номер хромосомы. Кнопка со значком "?" соответствует хромосомам, находящимся в "подвале" кариограммы. Через тире на каждой кнопке указано количество хромосом каждого типа в кариограмме. Например, на рис. 4.7 в кариограмме одна первая хромосома, две вторых, две третьих, одна четвертая, и т.д.

Если Вы хотите классифицировать хромосому, нажмите кнопку с соответствующей ей цифрой. Если Вы хотите перенести хромосому в "подвал", нажмите кнопку со значком "?".

Если Вы хотите удалить объект из рассмотрения, нажмите на кнопку "Удалить". После этого с объекта снимется выделение, и он будет удален с бланка кариограммы. Это может понадобится в том случае, если при коррекции кариограммы Вы обнаружите, что классифицировано два объекта как один. Эта операция равносильна одному щелчку левой клавишей мыши в режиме "Выделение / Снять".

Если Вы передумали проводить ручную классификацию этой хромосомы, нажмите на кнопку "Отмена". После этого пропадет диалог ручной классификации, больше никаких изменений не произойдет.

Классификация / Отменить результаты

Для того, чтобы отменить все результаты проведения классификации, используйте пункт меню "Классификация / Отменить результаты" ("быстрые" клавиши - Ctrl + F9). После использования этого пункта меню все хромосомы будут помещены в "подвал" (нижнюю часть кариограммы).

Данные / Пациент

Для того, чтобы ввести текстовые данные о пациенте, используйте пункт меню "Данные / Пациент" ("быстрая" клавиша - F7). После того, как Вы выбрали этот пункт меню, на экране появится так называемая "Карточка пациента", которая выглядит, как показано на рис. 4.8.

Рис. 4.8. Карточка пациента.

Для того, чтобы заполнить карточку, Вы можете перемещаться по ней последовательно от поля к полю с помощью следующих кнопок клавиатуры:

"Tab" - для перемещения к следующему полю;

"Shift + Tab" - для перемещения к предыдущему полю.

Для того, чтобы попасть в какое-то определенное поле, используйте мышь: подведите курсор к нужному полю и щелкните левой клавишей мыши.

После того, как Вы введете информационные данные о пациенте, нажмите клавишу "Сохранить". Если же Вы не хотите использовать данные о пациенте, которые только что ввели, нажмите кнопку "Отмена".

Если Вы сохранили данные о пациенте, в верхней части кариограммы появится содержание некоторых из введенных полей:

· Номер

· Номер генетической карты

· Фамилия Имя Отчество

· Пол

· Дата рождения

· Материал

· Дата забора материала

· Кариотип

Поля X,Y предназначены для сохранения координат метафазы по отсчетам предметного столика микроскопа.

Для сохранения всей введенной текстовой информации в базе данных (если она поставляется вместе с программой), используйте пункт меню "Данные / Сохранить".

Данные / Сохранить

Программа позволяет сохранить все данные - изображение метафазы, изображение кариограммы, а также все данные, которые были введены в "Карточку пациента" в базе данных (если она поставляется вместе с программой).

Для того, чтобы информация была занесена в базу данных, достаточно выбрать пункт меню "Данные / Сохранить".

Вид / Увеличить

Программа позволяет увеличить изображение, расположенное в активном окне. Чтобы увеличить это изображение в два раза, нужно выбрать пункт меню "Вид / Увеличить". Исходное изображение (масштаб 1:1) может быть увеличено максимум в 4 раза, последовательным использованием данного пункта меню.

Вид / Уменьшить

Программа позволяет уменьшить изображение, расположенное в активном окне. Чтобы уменьшить это изображение в два раза, нужно выбрать пункт меню "Вид / Уменьшить". Исходное изображение (масштаб 1:1) можно уменьшить максимум в 4 раза. При этом нужно обратить внимание на то, что если изображение целиком помещается в окне, оно не позволяет себя уменьшить.

Внимание: Уменьшать изображение метафазы рекомендуется только для удобства просмотра. На уменьшенном изображении не рекомендуется работать в режимах "выделение полигоном" и "нож", так как некоторые линии при этом могут быть не видны.

Вид / 1:1

Если возникла необходимость вернуться к исходному изображению (то есть к масштабу 1:1), используйте пункт меню "Вид / 1:1".

Вид / Просмотреть

Пункт меню "Вид / Посмотреть" позволяет развернуть содержимое метафазы на весь экран. Этот пункт меню дает возможность в любой момент работы с программой посмотреть на исходное изображение метафазы без каких-либо выделений.

Для возвращения к прежнему состоянию щелкните любой клавишей мыши.

Вид / Переставить окна

Пункт меню " Вид / Переставить окна" дает возможность поменять местами расположение окон кариограммы и метафазы. Вы можете выбирать удобное для Вас расположение окон. При этом активным окном останется то окно, с котороым Вы работали до этой операции.

Вид / Кариограмма

Пункт меню "Вид / Кариограмма" делает активным окно кариограммы.

Вид / Метафаза

Пункт меню "Вид / Метафаза" делает активным окно метафазы.

Настройки

После того, как Вы выбрали пункт меню "Настройки", на экране появится следующий диалог:

Рис. 4.9. Диалог “Параметры”.

Этот диалог состоит из трех разделов.

Если установить флаг "Интерактивная настройка" в разделе "Телекамера", то при вводе изображения нужно действовать в соответствии с методикой настройки. Если этот флаг не установлен, то при вводе изображения настройка осуществляется самостоятельно без советов, выдаваемых программой. Флаг установлен, если в окошке слева от него стоит галочка (крестик или любой другой значок). Чтобы установить флаг необходимо щелкнуть в окошке один раз левой клавишей мыши.

Если в разделе "Метафаза" установлен флаг "Контрастировать", то перед выводом на экран изображение метафазы будет специальным образом обработано. Это приведет к тому, что изображение будет лучше выглядеть на экране. Аналогично, установленный флаг "Контрастировать при печати" приведет к тому, что изображение метафазы будет лучше выглядеть при печати на принтере.

Если в разделе "Кариограмма" установлен флаг "Контрастировать", то перед выводом на экран изображение кариограммы будет специальным образом обработано. Это приведет к тому, что изображение будет лучше выглядеть на экране. Аналогично, установленный флаг "Контрастировать при печати" приведет к тому, что изображение кариограммы будет лучше выглядеть при печати на принтере.

Справка / Содержание

Для того, чтобы получить справочную информацию о том, как работать с данной программой, выберите пункт меню "Справка / Содержание" ("быстрая" клавиша - F1). После того, как Вы выберете этот пункт меню, на экране появится содержание справочной системы программы. Выбрав интересующий Вас раздел, подведите к нему курсор мыши и щелкните левой клавишей.

Справка / О программе

Если Вы выберите пункт меню "Справка / О программе" ("быстрые" клавиши - Ctrl + F1), то появится маленькое окошечко с краткой информацией о версии программы.

"Быстрые клавиши"

Для тех, кто предпочитает работать с клавиатурой, существуют "быстрые" клавиши (еще их называют "горячие" клавиши). Что это такое? Наиболее часто используемым пунктам меню поставлены в соответствие комбинации кнопок на клавиатуре. То есть для того, чтобы выполнить какое-либо действие, Вам вовсе не обязательно обращаться к соответствующему пункту меню, если Вы знаете соответствующие "быстрые" клавиши. Например, если Вы хотите автоматически выделить все хромосомы, Вы можете выбрать пункт меню ''Выделение" , потом выбрать пункт меню "Выделить все". Но если Вы помните быстрые клавиши, то Вам достаточно нажать одновременно две кнопки на клавиатуре: Alt и F5.

Для того, чтобы узнать какие "быстрые" клавиши соответствуют какому пункту меню, достаточно открыть этот пункт меню, справа от него приведены соответствующие ему "быстрые" клавиши. Кроме того, можно посмотреть таблицу соответствий, в которой приведены все способы выполнения одного и того же действия.

Ниже приведена таблица всех быстрых клавиш, используемых в программе:

Панели инструментов

Панели инструментов (Toolbar) располагаются в правой и левой частях главного окна. Они представляют собой набор кнопок, нажатие каждой из которых эквивалентно выполнению той или иной команды меню. Эти кнопки предоставляют наиболее простой путь для вызова часто используемых команд.

Каждая кнопка панели инструментов может иметь три функциональных состояния:

· неактивное состояние, например, ;

Кнопка окрашена в серый цвет. В этом случае нельзя воспользоваться ее функциями.

Приведем пример того, когда кнопка находится в неактивном состоянии: Если Вы не загрузили изображение в главное окно программы, то Вы не сможете, например, осуществить автоматическое выделение или классификацию, соответствующие кнопки при этом будут в неактивном состоянии.

· нажатое состояние, например, ;

Программа имеет четыре режима работы. Если кнопка находится в нажатом состоянии (это соответственно относится только к четырем кнопкам ), то это означает, что программа находится в режиме именно этой кнопки, т.е. готова выполнять функции, закрепленные за этой кнопкой. Все остальные кнопки не могут долго находиться в нажатом состоянии. Они находятся в нажатом состоянии только непосредственно в тот момент, когда на них нажали.

· отжатое состояние, например, ;

Если кнопка находится в таком состоянии, то для того чтобы воспользоваться функциями, закрепленными за ней, необходимо нажать на эту кнопку. (Подведите курсор мыши к этой кнопке и нажмите на левую клавишу).

Рассмотрим назначение кнопок, поставив им в соответствие пункты меню

Используйте эту кнопку для чтения изображения из файла. Нажатие кнопки эквивалентно выбору пункта меню "Изображение / Прочитать из файла" или нажатию кнопки "F3" .

Для получения дополнительной справочной информации обратите внимание на раздел, описывающий работу с пунктом меню "Изображение / Прочитать из файла".

Используйте эту кнопку для получения изображения из буфера. Нажатие кнопки эквивалентно выбору пункта меню "Изображение / Получить из буфера" или нажатию комбинации клавиш "Shift + Ins".

Для получения дополнительной справочной информации обратите внимание на раздел, описывающий работу с пунктом меню "Изображение / Получить из буфера".

Используйте эту кнопку для получения изображения с микроскопа с помощью камеры. Нажатие кнопки эквивалентно выбору пункта меню "Изображение /Камера" или нажатию комбинации клавиш "Ctrl + F3".

Для получения дополнительной справочной информации обратите внимание на раздел, описывающий работу с пунктом меню "Изображение / Камера".

Используйте эту кнопку для сохранения изображения метафазы и кариограммы. Нажатие кнопки эквивалентно выбору пункта меню "Изображение /Сохранить" или нажатию кнопки "F2" на клавиатуре.

Для получения дополнительной справочной информации обратите внимание на раздел, описывающий работу с пунктом меню "Изображение / Сохранить".

Используйте эту кнопку для копирования изображение метафазы и кариограммы в буфер. Нажатие кнопки эквивалентно выбору пункта меню "Изображение /Копировать в буфер" или нажатию комбинации клавиш "Ctrl + Ins".

Для получения дополнительной справочной информации обратите внимание на раздел, описывающий работу с пунктом меню "Изображение / Копировать в буфер".

Используйте эту кнопку для печати на принтере изображения активного окна (метафазы или кариограммы). Нажатие кнопки эквивалентно выбору пункта меню "Изображение / Печать текущего окна" или нажатию кнопки "F6" на клавиатуре.

Для получения дополнительной справочной информации обратите внимание на раздел, описывающий работу с пунктом меню "Изображение / Печать текущего окна".

Используйте эту кнопку для увеличения в два раза изображения активного окна (метафазы или кариограммы). Нажатие кнопки эквивалентно выбору пункта меню "Вид / Увеличить" или нажатию кнопки ”+” на клавиатуре.

Для получения дополнительной справочной информации обратите внимание на раздел, описывающий работу с пунктом меню "Вид / Увеличить".

Используйте эту кнопку для уменьшения в два раза изображения активного окна (метафазы или кариограммы). Нажатие кнопки эквивалентно выбору пункта меню "Вид / Уменьшить" или нажатию кнопки "-" на клавиатуре.

Для получения дополнительной справочной информации обратите внимание на раздел, описывающий работу с пунктом меню "Вид / Уменьшить".

Используйте эту кнопку для приведения изображения к масштабу 1:1 активного окна (метафазы или кариограммы). Нажатие кнопки эквивалентно выбору пункта меню "Вид / 1:1" или нажатию кнопки "/" на клавиатуре.

Для получения дополнительной справочной информации обратите внимание на раздел, описывающий работу с пунктом меню "Вид / 1:1".

Используйте эту кнопку для просмотра изображения метафазы в неизмененном виде. Нажатие кнопки эквивалентно выбору пункта меню "Вид / Просмотреть" или нажатию кнопки "*" на клавиатуре.

Для получения дополнительной справочной информации обратите внимание на раздел, описывающий работу с пунктом меню "Вид / Просмотреть”.

Используйте эту кнопку для переключения в режим выделения одной хромосомы на изображении метафазы. Нажатие кнопки эквивалентно выбору пункта меню "Выделение / Объект" или нажатию кнопки "F5" на клавиатуре.

Для получения дополнительной справочной информации обратите внимание на раздел, описывающий работу с пунктом меню "Выделение / Объект".

Используйте эту кнопку для переключения в режим снятия выделения с одной хромосомы. Нажатие кнопки эквивалентно выбору пункта меню "Выделение / Снять" или нажатию кнопки "F8" на клавиатуре.

Для получения дополнительной справочной информации обратите внимание на раздел, описывающий работу с пунктом меню "Выделение / Снять".

Используйте эту кнопку для переключения в режим выделения полигоном (ломаной линией). Нажатие кнопки эквивалентно выбору пункта меню "Выделение / Полигон" или нажатию комбинации клавиш "Ctrl + F5".

Для получения дополнительной справочной информации обратите внимание на раздел, описывающий работу с пунктом меню "Выделение / Полигон".

Используйте эту кнопку для того, чтобы переключиться в режим работы с ножом. Нажатие кнопки эквивалентно выбору пункта меню "Выделение / Нож" или нажатию комбинации клавиш "Shift + F5".

Для получения дополнительной справочной информации обратите внимание на раздел, описывающий работу с пунктом меню "Выделение / Нож".

Используйте эту кнопку для выделения всех хромосом. Нажатие кнопки эквивалентно выбору пункта меню "Выделение / Выделить все" или нажатию комбинации клавиш "Alt + F5".

Для получения дополнительной справочной информации обратите внимание на раздел, описывающий работу с пунктом меню "Выделение / Выделить все".

Используйте эту кнопку для снятия выделения со всех хромосом. Нажатие кнопки эквивалентно выбору пункта меню "Выделение / Снять все выделения" или нажатию комбинации клавиш "Alt + F8".

Для получения дополнительной справочной информации обратите внимание на раздел, описывающий работу с пунктом меню "Выделение / Снять все выделения".

Используйте эту кнопку для проведения автоматической классификации всех хромосом. Нажатие кнопки эквивалентно выбору пункта меню "Классификация / Автоматическая" или нажатию кнопки "F9" на клавиатуре.

Для получения дополнительной справочной информации обратите внимание на раздел, описывающий работу с пунктом меню "Классификация / Автоматическая".

Используйте эту кнопку для отмены результатов автоматической классификации. Нажатие кнопки эквивалентно выбору пункта меню "Классификация / Отменить результаты " или нажатию комбинации клавиш "Ctrl + F9".

Для получения дополнительной справочной информации обратите внимание на раздел, описывающий работу с пунктом меню "Классификация / Отменить результаты".

Используйте эту кнопку для перехода в режим ввода текстовых данных в "Карточку пациента". Нажатие кнопки эквивалентно выбору пункта меню "Данные / Пациент" или нажатию кнопки "F7" на клавиатуре.

Для получения дополнительной справочной информации обратите внимание на раздел, описывающий работу с пунктом меню "Данные / Пациент".

Используйте эту кнопку для получения справочной информации о том, как пользоваться данной программой. После нажатия на эту кнопку на экране появится содержание справочной системы. Нажатие кнопки эквивалентно выбору пункта меню "Справка / Содержание" или нажатию кнопки "F1" на клавиатуре.

Для получения дополнительной справочной информации обратите внимание на раздел, описывающий работу с пунктом меню "Справка / Содержание".

5. Методика работы с программой (порядок действий)

Для того, чтобы построить кариограмму, нужно выполнить следующие действия:

Получить изображение метафазы. Изображение можно получить следующими способами:

· ввести с помощью камеры;

· получить из файла;

· получить из буфера (Это можно сделать только в том случае, если изображение ранее было туда помещено).

Сохранить изображение. Если изображение было получено не из файла, то его желательно сохранить перед началом работы, присвоив ему имя.

Выделить объекты. При выделение объектов Вы можете использовать:

· ручное выделение (полигоном);

· автоматическое выделение. В этом случае Вам может потребоваться очень простая коррекция, которая не займет много времени.

Внимание: Автоматическое выделение не позволяет выделять хромосомы, находящиеся в пересечении или касающиеся друг друга, в этом случае рекомендуется использовать ручное выделение. В остальных случаях рекомендуется использовать автоматическое выделение.

Часто приходится использовать оба способа выделения для одного и того же изображения.

Классифицировать хромосомы. Классификация хромосом может проводиться:

· вручную;

· автоматически (автоматическая классификация предусматривает последующую коррекцию).

6. Получение изображения

Программа позволяет обрабатывать изображения, полученные следующими тремя способами:

· изображения метафазы, введенные непосредственно с микроскопа с помощью камеры;

· изображения метафазы, полученные из файла (записанного ранее в формате Windows BMP (без сжатия) 8 или 24 бита на цвет, цветные изображения автоматически конвертируются в черно-белые);

· изображения метафазы, полученные с помощью других программ и помещенное в буфер обмена.

Получать изображение метафазы непосредственно с микроскопа с помощью камеры рекомендуется с использованием кнопки .

Получать изображение метафазы из файла рекомендуется с помощью кнопки .

Для того, чтобы можно было обмениваться изображениями между программами, используется буфер обмена. Если Вы при работе с какой-либо другой программой поместили изображение в буфер обмена, то чтобы поместить его в окно метафазы, рекомендуется использовать кнопку .

7. Выделение объектов

В данном разделе подробно описывается процесс выделения объектов на выбранном изображении метафазы, который заключается в:

· выделении объектов;

· указании положения центромер.

Для того, чтобы выделить хромосомы на изображении, рекомендуется проделать следующую последовательность действий.

1. Провести автоматическое выделение

Это можно сделать с помощью кнопки: .

После проведения автоматического выделения всех хромосом Ваше изображение будет выглядеть, например, следующим образом:

Рис. 7.1. Изображение после проведения автоматического выделения.

Если в результате автоматического выделения случайно выделилось какое-либо постороннее включение, например частичка грязи, то его можно удалить из рассмотрения на время работы с данным изображением. Для этого необходимо подвести курсор к объекту, который нужно исключить из рассмотрения, и щелкнуть два раза левой клавишей мыши. Обратите внимание, что этот объект можно будет снова выделить только в том случае, если Вы заново загрузите изображение из файла, в котором оно записано.

Внимание: При повторном получении изображения этой метафазы из файла для последующей обработки эти посторонние включения опять будут выделяться.

В результате автоматического выделения будут выделены не все хромосомы.

Не будут выделены:

Хромосомы, находящиеся в пересечении (т.е. накладывающиеся друг на друга, например, как показано на рис. 7.2.)

Рис 7.2. Пересекающиеся хромосомы.

В случае пересечения нескольких хромосом, их необходимо

· выделять вручную (ломаной линией).

Для этого нужно использовать кнопку .

Иногда одна хромосома может быть воспринята как две, лежащие в пересечении (если разошлись хроматиды).

Рис. 7.3. Хромосома с разошедшимися хроматидами.

В таком случае необходимо выделить эту хромосому полигоном так, как это показано на рисунке (обратите внимание на то, как нужно выделять концы хромосомы).

Рис. 7.4. Выделение разошедшихся хроматид.

Хромосомы, соприкасающиеся друг с другом

Рис. 7.5. Соприкасающиеся хромосомы.

Для того, чтобы выделить слипшиеся хромосомы, например такие, как на рис.7.5, нужно предварительно отделить их друг от друга. Для этого используется кнопка .

После этого:

если таких хромосом оказалось достаточно много, повторите

· автоматическое выделение хромосом всего изображения (Для этого используйте кнопку ).

если таких хромосом мало

· выделите эти хромосомы по одной (Для этого используйте кнопку ).

Иногда слипаются хромосомы, находящиеся близко друг от друга, но на различимом глазом расстоянии. Это может происходить в результате того, что между ними находится довольно темный участок фона, например как показано на рис.7.6.

Рис. 7.6. Близко расположенные хромосомы.

В этом случае также необходимо сначала отделить хромосомы друг от друга с помощью ножа (кнопка ).

Хромосомы, к которым прилипла "грязь"

В этом случае нужно проделать следующую последовательность действий:

· отрезать “грязь” или темный участок фона от хромосомы с помощью кнопки ;

· выделитьхромосому, используя кнопку: .

Внимание: В результате автоматического выделения всех хромосом могут возникнуть следующие неприятные ситуации:

Две хромосомы выделены, как одна

Что делать, если две хромосомы выделились, как одна?

· снять выделение с этих хромосом с помощью кнопки ;

· отрезать одну хромосому от другой с помощью кнопки ;

· выделить хромосомы (по очереди), используя кнопку .

Хромосома и прилипшая к ней "грязь" выделены как один объект

Рис. 7.7. Хромосомы с прилипшими посторонними включениями.

Иногда программа может воспринять налипшую "грязь", как часть хромосомы и выделит эту хромосому неправильно, например как показано на рис. 7.7. В этом случае необходимо:

· снять выделение с этой хромосомы с помощью кнопки ;

· отрезать "грязь" от хромосомы с помощью кнопки ;

· выделить хромосому, используя следующую кнопку .

Кусочки "грязи" восприняты как хромосомы и выделены

Рис. 7.8. Постороннее включение.

Иногда может получиться, что посторонние включения ("грязь") или часть фона будут восприняты программой, как объекты и выделены. В этом случае нужно снять выделение с этих объектов. Для этого нужно:

· нажать на кнопку ;

· подвести курсор к выделенному постороннему включению;

· сделать двойной щелчок левой клавишей мыши (при последующих автоматических выделениях эта "грязь" будет игнорироваться).

Хромосома выделена без своих спутников

Что делать, если хромосома выделилась без своих спутников?

В этом случае надо:

· снять выделение с этой хромосомы с помощью кнопки ;

· выделить их вручную (полигоном). Для этого нужно использовать кнопку .

2. Переставить центромеры у тех хромосом, у которых они были проставлены неверно при автоматическом выделении.

Для этого необходимо воспользоваться кнопкой .

8. Классификация

В этом разделе подробно описывается рекомендуемая последовательность действий при проведении классификации хромосом. Классифицировать можно только те хромосомы, которые выделены. Поэтому перед проведением классификации необходимо провести выделение объектов.

В связи с тем, что некоторые хромосомы могут оказаться плохо расположенными на изображении (например, перекрученные, согнутые пополам хромосомы или хромосомы, практически полностью перекрытые "грязью"), их рекомендуется до автоматической классификации либо классифицировать, либо расположить в "подвал" (нижнюю часть кариограммы). Это можно сделать с помощью такого инструмента как ручная классификация.

Далее классификацию рекомендуется проводить в следующей последовательности:

1. Проведите автоматическую классификацию.

Это можно сделать с помощью кнопки .

Результаты проведения автоматической классификации будут следующие:

· большинство хромосом классифицированы;

· некоторые хромосомы не классифицированы, а помещены в "подвал" (нижнюю часть кариограммы);

· некоторые хромосомы классифицированы неверно.

Поэтому после проведения автоматической классификации необходимо провести коррекцию полученной кариограммы

2. Проведите ручную классификацию (для удобства рекомендуется развернуть окно кариограммы на весь экран).

Для проведения ручной классификации подведите курсор к хромосоме, которую нужно переместить на другое место, и нажмите на правую клавишу мыши. Для получения подробных инструкций о том, как проводить ручную классификацию, смотрите раздел "Ручная классификация".

Поворот и изменение положения центромеры в кариограмме.

После построения кариограммы может оказаться, например, что какая-то хромосома располагается на своем месте, но в перевернутом виде. В этом случае используйте механизм поворота.

Для этого подведите курсор мыши к этой хромосоме и щелкните один раз левой клавишей мыши. После этого перед Вами появится окно:

Рис. 8.1. Инструмент “Поворот”.

Для того, чтобы повернуть хромосому:

- на 180 градусов, используйте кнопку "180⁰" ("быстрая" клавиша "1");

- на один градус по часовой стрелке, нажмите на кнопку "+1";

- на один градус против часовой стрелки, нажмите на кнопку "-1";

- сразу на десять градусов по часовой стрелке, нажмите на кнопку "+10" ("быстрая" клавиша "+");

- сразу на десять градусов против часовой стрелки, нажмите на кнопку "-10" ("быстрая" клавиша "-");

Для того, чтобы приподнять хромосому вверх, используйте кнопку "вверх" ("быстрая" клавиша "в" русского алфавита);

Для того, чтобы опустить хромосому вниз, используйте кнопку "вниз" ("быстрая" клавиша "н" русского алфавита);

После того, как Вы установили хромосому в нужное положение, нажмите кнопку "Завершить" ("быстрая" клавиша "з" русского алфавита).

Переход от одной клавиши к другой осуществляйте либо с помощью левой клавиши мыши, либо с помощью любой из стрелок на клавиатуре.

Один щелчок левой клавишей мыши на какой-либо кнопке окна поворота соответствует однократному выполнению действия, закрепленного за этой кнопкой.

Внимание: Если Вы будете использовать для поворота "быстрые" клавиши (кнопки на клавиатуре), то при нажатии на соответствующую кнопку действие закрепленное за ней, будет повторяться до тех пор, пока Вы не перестанете на нее нажимать.

9. Технические требования

Программа KarioService предназначена для работы под управлением операционных систем Windows 2000 и выше (Windows XP, Windows 2003). Для работы с программой обязательно необходим манипулятор мышь.

Программа позволяет читать из файла и получать из буфера обмена изображения метафазы в формате Windows BMP (без сжатия) 8 или 24 бита на цвет (цветные изображения автоматически конвертируются в черно-белые). Изображение метафазы записывается в файл и копируется в буфер обмена в формате Windows BMP (без сжатия) 8 бит на цвет (GrayScale). Изображение кариограммы записывается в файл и копируется в буфер обмена в формате Windows WMF (Windows MetaFile).

10. Подготовка препаратов

Для правильной работы программы, необходимо применять G-окрашенные с использованием трипсина препараты. Подробную информацию о методике подготовки таких препаратов можно найти в атласе "Хромосомы человека" [1].

11. Словарь

Активное окно

Активным называется окно, имеющее синий заголовок.

Программа имеет три окна:

· главное окно программы;

· окно кариограммы;

· окно метафазы.

Главное окно программы активно всегда, когда работает программа. Если окно кариограммы активно, то окно метафазы пассивно и соответственно наоборот ( быть активными одновременно эти два окна не могут ). В данном случае под активным окном подразумевается либо окно кариограммы, либо окно метафазы.

Сделать нужное окно активным можно тремя способами:

· щелкните внутри него левой клавишей мыши ( один раз );

· используйте пункты меню: "Вид / Кариограмма" ( чтобы сделать активным окно кариограммы ), "Вид / Метафаза " ( чтобы сделать активным окно метафазы );

· используйте быстрые клавиши: 1- для переключения в окно кариограммы, 2- для переключения в окно метафазы.

База данных

База данных - совокупность данных, состоящая из некоторого числа записей, каждая из которых формируется из полей определенного типа. Дает возможность выполнять операции поиска определенной записи, их сортировки и др. В программе KarioService база данных применяется для хранения изображений метафаз, кариограмм и мнформации о пациентах.

Данная программа может поставляться как вместе с базой данных, так и без нее.

Буфер обмена

Буфер обмена (Clipboard) - область памяти, которая позволяет осуществлять обмен информацией между различнвми программами . Для этого достаточно положить в буфер данные в одной программе (как в конверт) и извлечь в другой. В том числе буфер обмена позволяет обмениваться с другими программами и изображениями. В данной программе использование буфера обмена позволяет обрабатывать изображения, введенные с помощью других программ, а также передавать изображения в другие программы для дальнейшей обработки. Например, позволяет передавать изображения в какие-либо графические или текстовые редакторы, например, Microsoft Word), которые позволяют сохранить или напечатать изображение каким-либо специальным образом.

Имя файла

Имя файла состоит из двух частей: из непосредственно имени и из расширения.

Непосредственное имя файла может состоять из 8 символов, в качестве этих символов могут выступать латинские буквы, цифры, ряд других символов, например, символ подчеркивания (_).

Расширение выбирается из нескольких стандартных (например, wmf, bmp). Оно отделяется от непосредственного имени точкой.

Полное имя может выглядеть, например, так pacient1.bmp

Внимание: В данной программе Вам нужно задавать только непосредственное имя, нужное расширение задается автоматически.

Кариограмма

Кариограмма - этот термин в данной программе используется в основном для обозначения представления изображений хромосом, разложенных упорядоченно по классам, а также некоторой дополнительной текстовой информации.

Каталог

Каталог диска - содержит разнообразную информацию о файлах, например их имена, размеры, даты создания и физические позиции на диске. Каталог диска - способ организации и группирования файлов, избавляющий пользователя от необходимости иметь дело с огромным списком файлов (нечто вроде картотеки). Все файлы , связанные с каким-либо конкретным проектом, можно держать в одном каталоге. Каталог самого верхнего уровня называется корневым; каталоги, содержащиеся внутри других каталогов, называются подкаталогами или папками.

Поле

В данном случае под полем подразумевается часть записи, содержащая данные конкретного типа. Например, в запись КАРТОЧКА ПАЦИЕНТА входят поля ФАМИЛИЯ, ИМЯ, ОТЧЕСТВО, ПОЛ, ДИАГНОЗ, ДАТА ЗАБОРА МАТЕРИАЛА и т.д. Каждое поле обладает следующими характеристиками: максимальная длина и тип данных (например, числовые, символьные и т.д.).

Файл

Файл - законченная именованная совокупность информации (в данной программе используются файлы с изображениями кариограмм и метафаз). Каждый из этих файлов является единым связным элементом, который Вы может найти, изменить, удалить, сохранить или напечатать на принтере.

Прочитать файл - загрузить его содержимое для обработки.

Четыре режима

Программа может находиться в четырех следующих режимах:

· выделение одной хромосомы;

· снятие выделения с одной хромосомы;

· выделение полигоном (ломанной);

· работа с ножом;

Переключение между режимами можно осуществить с помощью

· пунктов меню

· панели инструментов

· быстрых клавиш

Например, для того чтобы переключиться в режим выделения полигоном можно

· выбрать пункт меню "Выделение / Полигон" (при этом рядом с пунктом меню появится галочка);

· нажать на кнопку (при этом кнопка перейдет в нажатое состояние);

· нажать на клавиатуре комбинацию клавиш "Ctrl + F5";

Чтобы определить в каком режиме Вы находитесь можно посмотреть:

на панель инструментов, и определить, какая из следующих кнопок нажата:

в меню, рядом с каким из следующих пунктов меню стоит галочка